Genomische Überwachung in Westafrika wirksam machen
Mit der Einführung des Virus-Metagenomics-Outbreak-Pipeline-Analysetools und dem Aufbau einer neuen Sequenzierungseinheit in Guéckédou, Guinea, stärkt CELESTA die lokale genomische Surveillance und ermöglicht eine schnellere Erkennung viraler Bedrohungen.
Die nachhaltige Stärkung von genomischer Surveillance in Westafrika ist ein zentrales Ziel des Projekts CELESTA. Im Jahr 2025 erreichten die Projektpartner zwei wichtige Meilensteine: die erfolgreiche Schulung und Implementierung der ViMOP-Bioinformatik-Pipeline (https://www.bnitm.de/en/news/news/neue-pipeline-vimop) sowie die Einrichtung einer neuen Sequenzierungseinheit am Labor für Virale Hämorrhagische Fieber in Guéckédou, Guinea (LFHVH-GKD).
Ein wichtiger Schritt in Richtung lokaler Datenhoheit für Länder, die von Virusausbrüchen betroffen sind, war die Einführung der Virus‑Metagenomics-Outbreak‑Pipeline (ViMOP).
Im Mai 2025 nahmen Laborwissenschaftlerinnen und Laborwissenschaftler von CELESTA‑Partnerinstitutionen — darunter LFHV‑GKD, das Centre de Recherche en Virologie in Conakry (Guinea) und das Irrua Specialist Teaching Hospital in Nigeria — an einer praktischen Schulung teil, die von Expertinnen und Experten des Bernhard‑Nocht‑Instituts für Tropenmedizin (BNITM) geleitet wurde. Die Schulung konzentrierte sich auf die Installation und Durchführung der ViMOP‑Analyse‑Software. Ferner ging es um die Interpretation der Ergebnisse für ungerichtete Nanopore‑Sequenzierungsdaten.
ViMOP wurde entwickelt, um die Ausbruchsreaktion in Gegenden mit begrenzten Mitteln zu unterstützen, indem es einen effizienten, benutzerfreundlichen Workflow für die virale metagenomische Analyse bereitstellt. Nach der Schulung integrierten die teilnehmenden Labore die Pipeline erfolgreich in ihre Routineabläufe. Dadurch waren sie in der Lage, Sequenzierungsdaten eigenständig zu analysieren und rasch umsetzbare Ergebnisse für gesundheitspolitische Entscheidungen zu produzieren.
Im Dezember 2025 erreichte CELESTA einen weiteren wichtigen Meilenstein mit der Eröffnung einer neuen Sequenzierungseinheit am LFHV-GKD in Guéckédou. Im Rahmen seiner Infrastrukturunterstützung wurde das Labor so ausgestattet, dass es virale Genomsequenzierungen vor Ort durchführen kann. Das hat den Vorteil, dass sich die Bearbeitungszeiten während Ausbrüchen verkürzen.
Der erste Sequenzierungslauf dieser neuen Einheit verarbeitete bereits erfolgreich eine 2025 entnommene, klinische Lassafieber-positive Probe. Dieser Erfolg markierte das erste lokal erzeugte Lassa-Virus-Genom an dem Standort. Es zeigt zudem, dass das Labor nun fähig ist, genomische Daten direkt zu nationalen und regionalen Überwachungsmaßnahmen beizutragen.
Die Implementierung von ViMOP sowie die Inbetriebnahme der Sequenzierungseinheit in Guéckédou markieren gemeinsam einen wichtigen Fortschritt in der Umsetzung CELESTA-Projekts, welches die Stärkung einer lokal geführten genomischen Überwachung zum Ziel hat. Durch die Kombination von Schulungen, bioinformatischen Werkzeugen und Stärkung der Sequenzierungsinfrastruktur unterstützt das Projekt eine schnellere Erkennung von Ausbrüchen, verbessert die Reaktionsfähigkeit sowie die langfristige Resilienz der öffentlichen Gesundheitslaborsysteme in Westafrika.
