Training für SARS-CoV-2-Diagnostik in Sri Lanka

Im Rahmen des vom BMG geförderten Global Health Protection Programme (GHPP) befasst sich das Teilprojekt „Identification of Emerging Agents“ (IDEA) unter anderem mit der Diagnostik hochpathogener Viren in Sri Lanka. Nach der Einrichtung von PCR-Diagnostiklaboren am Colombo North Teaching Hospital (CNTH) in Ragama und an der University of Colombo (UoC) sowie mehreren Trainings zur PCR-Diagnostik und einem ersten Workshop zur MinION-Sequenzierung im November 2019 konnten diese Labore zu Beginn der Pandemie sehr schnell die molekulare Diagnostik für SARS-CoV-2 etablieren. Das IDEA-Projekt unterstützte hierbei durch fachliche Beratung und Bereitstellung von Reagenzien und Laborequipment. Die Unterstützung der Labordiagnostik wurde kontinuierlich im Verlauf der Pandemie fortgesetzt.

Zum weiteren Ausbau der Diagnostik-Kapazitäten auf zusätzliche Labore in Sri Lanka wurden im November 2021 Trainings zur PCR-Diagnostik und Typisierung von SARS-CoV-2 sowie der MinION-Sequenzierung mittels AmpliCoV und Midnight-Protokoll durch ein Team von ZBS 1 und sri-lankischen KollegInnen an der UoC durchgeführt, unterstützt durch die SEEG. Um der pandemischen Lage gerecht zu werden, gab es strenge Vorgaben für die Teilnahme an den Workshops: jeder Teilnehmer musste vollständig geimpft sein, vor Beginn der Trainings haben alle Beteiligten am jeweiligen Tag einen beaufsichtigten Schnelltest durchgeführt und es wurden durchgehend FFP2-Masken getragen.

Im Rahmen des Workshops zur SARS-CoV-2-Detektion mittels PCR wurden 16 TeilnehmerInnen in 2 Gruppen von insgesamt 4 TrainerInnen des RKI trainiert. Zunächst wurde ein in-house 4-plex-Assay (adaptiert nach Michel et al. 2021) zur Detektion von SARS-CoV-2 trainiert, der neben zwei SARS-CoV-2-Genomregionen auch eine mögliche Inhibition der PCR und eine unzureichende Probenahme nachweisen kann. Im Anschluss folgten verschiedene Assays zur SARS-CoV-2-Typisierung mittels PCR, darunter in-house-Assays und kommerziell erhältliche Kits. Eine Software-gestützte Analyse der Assays sowie ein trouble shooting zu Assay-Auswahl, Kontaminationsrisiken und Limitationen der Aussagekraft der Assays – auch im Vergleich zu Sequenzierverfahren – folgten. Zum Abschluss wurden die verschiedenen PCR-Typisierungsoptionen im Hinblick auf Anwendbarkeit (Routine-Workflow), Adaptierbarkeit, Verfügbarkeit und Wirtschaftlichkeit diskutiert und bewertet.

Ein zweiter Workshop befasste sich mit der Sequenzierung von SARS-CoV-2-Genomen unter Verwendung der MinION-Technologie von Oxford Nanopore (ONT). In diesem Workshop wurden 8 TeilnehmerInnen aus verschiedenen Institutionen Sri Lankas trainiert. Dabei lag die Hauptverantwortung für das Training bei den KollegInnen vor Ort, die im train-the-trainer-Ansatz bereits ausgebildet waren und ihr Wissen nun weitergeben konnten. Die TrainerInnen vom RKI hatten eine unterstützende Funktion für die TrainerInnen vor Ort. Praktisch trainiert wurde ein in-house AmpliCoV-Protokoll zur schnellen und sensitiven Genomsequenzierung (Brinkmann et al. 2021). Auf die theoretische Auswertung des Laufes folgte eine Software-gestützte Auswertung von vorab mit dem Midnight-Protokoll (ONT) generierten Daten. Zuletzt wurden die beiden Methoden verglichen und ein trouble shooting durchgeführt.

Zum Ausbau der Sequenzierkapazitäten in Sri Lanka wurde ein Labor am Medical Research Institute (MRI) eingerichtet und dem MRI Laborequipment und Reagenzien für die Sequenzierung mittels MinION-Technologie zur Verfügung gestellt. Mitarbeitende des MRI nahmen ebenfalls am Training zur MinION-Sequenzierung teil.

Die Übergabe der Materialien erfolgte im Rahmen einer offiziellen Zeremonie am MRI, bei der neben VertreterInnen des sri-lankischen Ministry of Health, der WHO, der GIZ und weiteren Institutionen auch der deutsche Botschafter in Sri Lanka, Holger Seubert, und sein Stellvertreter, Olaf Malchow, anwesend waren.
Die Workshops und die Einrichtung des Sequenzierlabors am MRI wurden im Rahmen des IDEA-Projekts durchgeführt und zusätzlich durch eine SEEG-Mission unterstützt.

Neben Meetings mit den Projekt- und Kooperationspartnern gab es auch ein Treffen mit der Vizekanzlerin der UoC, Prof. Maithripala Sirisena, um ihr die Entwicklungen im IDEA-Projekt vorzustellen. Zudem wurden im Rahmen des Gesprächs Optionen für die Fortsetzung des Projekts sowie mögliche nachfolgende Projekte besprochen. Zur Projektfortentwicklung gab es außerdem Besprechungen mit der Deutschen Botschaft in Colombo, der Landesdirektion der GIZ und der WHO.

Ein sehr großer Dank geht an die vielen beteiligten Personen, die mit enorm viel Engagement und Enthusiasmus die Trainings vorbereitet und durchgeführt haben: Rochelle Anthonies (UoC), Claudia Banse (RKI), Juliane Fraissinet (RKI), Lennart Heere (RKI), Janine Michel (RKI), Therese Muzeniek (RKI), Andreas Nitsche (RKI), Thejanee Perera (UoC), Andreas Puyskens (RKI), Franziska Schwarz (RKI), Sahan Siriwardana (UoC). Ein großes Dankeschön geht auch an Andreas Gilsdorf (GIZ) und Inoka Perera (UoC), die mit viel Einsatz die vielen Projektmeetings durchgeführt haben.

Stand: März 2022