Westafrika baut seine Sequenzierungskapazitäten aus
Im Jahr 2023 wurden im Rahmen des BNITM Projekts Celesta insgesamt acht Mitarbeitende von vier Kooperationspartnern aus Guinea und Nigeria in eine der neuesten Methoden der Genomsequenzierung geschult. Damit sollen die öffentlichen Gesundheitssysteme dieser Länder gestärkt und gefördert werden.
Das Projekt CELESTA konzentriert sich auf die Stärkung der Kapazitäten der Kooperationspartner in Guinea und Nigeria in der genomischen Erregersurveillance des RNA-Virus. Hierfür hatte das BNITM Team ein Trainingskonzept zur metagenomischen Sequenzierung entwickelt, welches in seinen Modulen anpassbar ist und Fertigkeiten in Verfahrenspraxis und Analysetechniken der Bioinformatik vermittelt. Die Teilnehmenden setzten sich zusammen aus den folgenden Partnerinstitutionen: die Forschungslabore Laboratoire de Centre de Recherche en Virologie – Laboratoire des Fièvres Hemorragiques Virales de Guinée (CRV-LFHVG) in Conakry, Guinea und Laboratoire des Fièvres Hémorragiques Virales de Gueckédou“ (LFHV-GKD) in Gueckédou, Guinea sowie das Lehrkrankenhaus Irrua Specialist Teaching Hospital (ISTH) in Irrua, Nigeria.
Zum Auftakt der ersten Trainingsphase hat das BNITM Team im Februar 2023 ein zweiwöchiges Training mit dem CRV-LFHVG in Conakry, Guinea, auf Grundlage der Nanopore-Sequenzierung (MinION, Oxford Nanopore Technologies) durchgeführt. Insgesamt haben vier Mitarbeitende teilgenommen, von denen zwei bereits Erfahrungen mit der Technologie des Next-Generation-Sequencing (NGS) hatten. Im Fokus standen dabei die Anwendungen der sogenannten amplicon-basierten Sequenzierung, welche das Labor im Jahr 2021 einführte, um die Ausbreitung von SARS-CoV-2-Varianten in Guinea zu überwachen.
Im Juni des letzten Jahres nahmen vier wissenschaftliche Labormitarbeitende des ISTH und vier zusätzliche des CRV-LFHVG an einem zweiwöchigen Training zur metagenomischen Sequenzierung und Phylogenie teil. Diese Schulung wurde vom BNITM organisiert und fand in Conakry, Guinea, statt. Das BNITM Team führte infolgedessen ein weiteres Training in Gueckédou im November 2023 durch, um die Kapazitäten in der Sequenzierung in Guinea zu stärken. An dieser Veranstaltung, welche eine Einführung in die Techniken der Sequenzierung und Bioinformatik bot, nahmen sechs Mitarbeitende des LFHV-Guinea teil.
Das wesentliche Ziel dieser Schulungen war die Förderung der lokalen Ressourcen durch Wissensvermittlung zur metagenomischen Sequenzierung als eine neue Methode des NGS. Die Absicht war außerdem, die Teilnehmenden mit der IT-gestützten Analyse von Daten in der Laborarbeit vertraut zu machen. Hierfür wurden zehn neue standardisierte Vorgehensweisen (SOP; Standard Operating Procedures) eingeführt und insgesamt acht Mitarbeitende vom ISTH und CRV-LFHVG entsprechend geschult. Dabei wurde das Hauptaugenmerk vor allem auf folgende Themen gelegt: Standardprozesse zur Eindämmung von Kontaminationen, Methoden des Monitorings zur Optimierung von Sequenzierungsprozessen, Sicherstellung von Datenqualität und Management zur Identifikation und Behebung von Fehlerquellen (Troubleshooting Management). Alle acht Teilnehmenden haben die Schulungen der ersten Trainingsphase erfolgreich absolviert. Für das Jahr 2024 sind weiterführende Schulungen geplant.
Die Mitarbeitenden des CRV-LFHVG und ISTH haben durch die Schulungen erste Grundkenntnisse und Fähigkeiten zur Durchführung von metagenomischen NGS-Verfahren und -analysen von RNA-Viren erworben. Dies stellt einen Schlüsselerfolg in der Förderung von Surveillancesystemen der öffentlichen Gesundheitswesen in Guinea und Nigeria dar.
