COVIDSeq_NET – Corona Global

Kurzbeschreibung

Das Hauptziel des COVIDSeq_NET -Projekts ist es, die Varianten von SARS-CoV 2 zu bestimmen, die seit dem Beginn des Ausbruchs in Mosambik zirkulieren. Im Rahmen unserer länger bestehenden Zusammenarbeit zwischen dem Instituto Nacional de Saúde (INS) und dem Forschungszentrum Borstel, Leibniz Lungenzentrum (RCB) werden wir nun eine Ganzgenomsequenzierung (WGS) von SARS-CoV-2 Proben aus verschiedenen Zeiträumen der Epidemie mit der Next Generation Sequencing (NGS) Technologie durchführen. Zunächst wird NGS von SARS-CoV-2-Proben am RCB durchgeführt, um einen ersten Eindruck von den zirkulierenden Varianten zu erhalten. Ziel ist es jedoch, die NGS-Technologie sehr schnell im Labor in Maputo zu implementieren, um die Virussequenzierung und anschließende Datenanalyse vor Ort durchführen zu können. Dazu werden unsere lokalen Partner in der NGS-Technologie und in der Analyse der generierten Sequenzdaten geschult. Insgesamt wird dieses Projekt den Aufbau eines Labors für SARS-CoV-2 NGS in Maputo ermöglichen und erste Informationen zur Verfolgung von SARS-CoV-2-Infektionen generieren.

Die Ergebnisse der Studie werden ein besseres Verständnis der molekularen Epidemiologie und genetischen Charakterisierung von SARS-CoV-2 in Mosambik ermöglichen. Diese Informationen werden den Behörden helfen, das Infektionsgeschehen besser zu verstehen und Maßnahmen zur Eindämmung des Infektionsgeschehens anzupassen.

Ziele des Projekts

Die folgenden Ziele wurden von allen Projektpartnern als höchst relevant angesehen:

• Bestimmung der genetischen Vielfalt von SARS-CoV-2 seit Beginn des Ausbruchs in Mosambik. Aufgrund der aktuellen Bedrohung durch neue (und potenziell virulentere) SARS-CoV-2-Varianten (variants of concern) in Afrika ist es dringend erforderlich, das genetische Profil der derzeit in der mosambikanischen Bevölkerung zirkulierenden Varianten zu untersuchen. Insgesamt werden bis zu 300 gesammelte Proben an das RCB für eine erste WGS geschickt. Diese Informationen werden den Behörden helfen, die Identität des Virus zu verstehen, ob es sich verändert und wie es übertragen wird
• Ausbau der NGS-Kapazität am INS und Etablieren der SARS-CoV-2-Sequenzierung auf der Grundlage eines vom ARTIC-Netzwerk beschriebenen amplikonbasierten Ansatzes (https://artic.network/ncov-2019). Die NGS-Technologie wird auf der iSeq 100-Plattform durchgeführt werden. Die entsprechenden Analyse-Workflows wurden bereits am RCB etabliert. Nach der Installation des Sequenzers und der Beschaffung von Verbrauchsmaterialien werden die Arbeitsabläufe für NGS lokal in Maputo/Mosambik implementiert. Das lokale Personal wird in allen Verfahren geschult, die für die Durchführung von SARS-CoV-2 NGS notwendig sind. Darüber hinaus werden die Arbeitsabläufe für die Datenanalyse und -interpretation vor Ort etabliert. Lokale Standardarbeitsanweisungen (SOPs) werden zusammen mit den NGS-Expertinnen und -Experten vom RCB entwickelt
• Untersuchung der folgenden Forschungspakete durch das in Maputo eingerichtete NGS-Labor:
  • WGS von den ersten 50 bestätigten SARS-CoV-2-Fällen in Mosambik wird Informationen über die allererste Infektionsphase liefern, welche Varianten ins Land kamen und wie sie übertragen wurden
  • Informationen über den bisherigen Infektionsverlauf werden durch Sequenzierung von bis zu 30 Proben/Monat gewonnen, die vom Beginn des Ausbruchs im März 2020 bis Juni 2021 gesammelt wurden
  • Für laufende und zukünftige Überwachungsanalysen werden zwischen 50 und 100 positive Proben für SARS-CoV-2 pro Monat sequenziert und zeitnah von Juni/2021 bis Juni/2022 analysiert. Alle generierten Datensätze werden unter Berücksichtigung von Patientenalter und -geschlecht, Infektionsraten, Krankheitsschwere und Mortalität analysiert

Unser Ziel für dieses Projekt ist, dass in Mosambik die NGS-Technologie nachhaltig weitergeführt werden kann. Das bedeutet, dass SOPs nach nationalen Richtlinien entwickelt werden müssen, damit die Sequenziertechnologie in die Epidemiepläne des Landes aufgenommen werden kann. Da es sich bei dem aktuellen Projekt jedoch eher um ein Start-up-Projekt handelt, wollen die deutschen und mosambikanischen Partner die aktuelle Förderphase nutzen, um gemeinsam einen Plan zur molekularen Überwachung von Infektionskrankheiten in Mosambik für die Zeit nach 2023 zu entwickeln.

Stand: Dezember 2021