COVIDSeq_NET – Corona Global

Brève description

Le principal objectif du projet COVIDSeq_NET est d’identifier les variants du SARS‑CoV‑2 qui circulent en Mozambique depuis le début de la flambée épidémique. Dans le cadre de la coopération de longue date existant entre l’Institut national de santé (INS) et le Centre de recherche de Borstel, Centre pulmonaire de la Communauté Leibniz (FZB), il sera procédé à un séquençage du génome entier (SGE) d’échantillons de SARS‑CoV‑2 de différentes périodes de l’épidémie grâce à la technologie du séquençage de nouvelle génération (SNG). Tout d’abord, le SNG des échantillons de SARS‑CoV‑2 sera effectué au FZB, ce qui permettra d’obtenir une première impression des variants en circulation. Mais l’objectif est de mettre en œuvre très rapidement la technologie du SNG dans le laboratoire de Maputo afin de pouvoir procéder sur place au séquençage du virus et à l’analyse des données. À cet effet, une formation sera dispensée aux partenaires locaux pour les familiariser à la technologie du SNG et à l’analyse des données de séquençage générées. Globalement, ce projet permettra la mise en place d’un laboratoire pour le SNG du SARS‑CoV‑2 à Maputo et générera de premières informations afin de tracer les infections de SARS‑CoV‑2.

Les résultats de l’étude permettront de comprendre davantage l’épidémiologie moléculaire et la caractérisation génétique du SARS‑CoV‑2 en Mozambique. Ces informations aideront les autorités à mieux appréhender l’évolution du nombre d’infections et à ajuster les mesures destinées à endiguer l’épidémie.

Objectifs du projet

Tous les partenaires du projet estiment que les objectifs suivants sont de la plus haute importance :

• Identification de la diversité génétique du SARS‑CoV‑2 depuis le début de la flambée épidémique en Mozambique. Compte tenu de la menace actuelle que constituent de nouveaux variants (potentiellement plus virulents) de SARS‑CoV‑2 (variants préoccupants) en Afrique, il est absolument indispensable d’analyser le profil génétique des variants circulant actuellement parmi la population de Mozambique. Au total, jusqu’à 300 échantillons collectés seront envoyés au FZB pour un premier séquençage du génome entier. Ces informations aideront les autorités à comprendre l’identité du virus ainsi que ses mutations et ses voies de transmission.
• Développement des capacités de séquençage de nouvelle génération (SNG) à l’INS et mise en place du séquençage du SARS‑CoV‑2 à partir de l’approche basée sur l’amplicon décrite par le réseau ARTIC (https://artic.network/ncov-2019). La technologie de SNG sera mise en œuvre sur la plateforme iSeq 100. Les flux de travail pour l’analyse ont déjà été mis en place au FZB. Après l’installation du séquenceur et l’approvisionnement en consommables, les flux de travail pour le SNG seront mis en place à Maputo/Mozambique. Le personnel local bénéficiera d’une formation sur toutes les procédures à maîtriser pour effectuer le SNG du SARS‑CoV‑2. En outre, des flux de travail pour l’analyse et l’interprétation des données seront mis en place sur le site. Des procédures opérationnelles normalisées pour le travail au niveau local seront développées en collaboration avec les spécialistes en SNG du FZB.
• Le laboratoire de SNG créé à Maputo procède à des analyses dans les champs de recherche suivants :
  • Le SGE des 50 premiers cas confirmés de SARS‑CoV‑2 en Mozambique fournira des informations sur la toute première phase d’infections et permettra d’identifier les variants entrés dans le pays et leurs modes de transmission.
  • Le séquençage de jusqu’à 30 échantillons par mois, prélevés entre le début de la flambée épidémique en mars 2020 et juin 2021, fournira des informations sur l’évolution des infections jusqu’à cette date.
  • Pour les analyses de surveillance en cours et à venir, de 50 à 100 échantillons positifs au SARS‑CoV‑2 seront séquencés chaque mois et analysés rapidement entre juin 2021 et juin 2022. Tous les jeux de données générés seront analysés en prenant en compte les facteurs suivants : âge et sexe des malades, taux d’infection, morbidité et mortalité.

Ce projet vise à ce que la technologie de SNG puisse être utilisée durablement en Mozambique. Cela signifie que les procédures opérationnelles normalisées doivent être développées selon les directives nationales afin que la technologie de séquençage puisse être intégrée dans les plans de maîtrise des épidémies du pays. Mais le projet actuel étant un projet de démarrage, les partenaires allemands et mozambicains veulent mettre à profit la phase de soutien actuelle pour concevoir ensemble un plan de surveillance moléculaire des maladies infectieuses en Mozambique pour la période après 2023.

Version : décembre 2022