L’Afrique de l’Ouest renforce ses capacités de séquençage
En 2023, huit spécialistes guinéens et nigérians ont été formés à une nouvelle méthode de séquençage dans le but de renforcer les capacités de surveillance génomique de leurs pays et de soutenir les systèmes de santé publique.
Dans le cadre de cette nouvelle phase (2023-2025) du programme GHPP, notre projet CELESTA s’efforce de consolider les capacités de surveillance génomique des virus à ARN (acide ribonucléique) de ses partenaires de coopération, le Laboratoire des fièvres hémorragiques virales de Guinée du Centre de recherche en virologie (CRV-LFHVG) de Conakry, Guinée, le Laboratoire des fièvres hémorragiques virales de Gueckédou (LFHV-GKD) en Guinée et l’hôpital universitaire Irrua Specialist Teaching Hospital (ISTH) d’Irrua au Nigeria. L’équipe de l’Institut Bernhard Nocht de médecine tropicale (BNITM) a élaboré un programme de formation évolutif sur le séquençage métagénomique, qui porte à la fois sur le travail pratique en laboratoire et sur l’analyse bioinformatique des données de séquençage.
En février 2023, une équipe du BNITM s’est rendue au CRV-LFHVG pour une première phase de formation de deux semaines sur le séquençage nanopore (MinION, Oxford Nanopore Technologies). Quatre membres du personnel du CRV-LFHVG ont participé à la formation. Deux d’entre eux possédaient déjà des connaissances sur le séquençage de nouvelle génération et notamment sur une technique appelée séquençage des amplicons que le laboratoire avait utilisée en 2021 pour surveiller la circulation du variant SARS-CoV-2 en Guinée.
En juin 2023, partant de la coopération associant déjà le Nigeria et la Guinée dans le domaine du séquençage du SARS-CoV-2, quatre scientifiques de l’ISTH et quatre membres du personnel du CRV-LFHVG ont participé à une formation de deux semaines sur le séquençage métagénomique et la phylogénie qui était organisée par le BNITM à Conakry. Puis, en novembre 2023, pour continuer à renforcer les capacités de séquençage de la Guinée, une autre formation a été organisée par l’équipe du BNITM à Guéckédou. Elle a permis à six membres du personnel du LFHV-GKD de découvrir les technologies de séquençage et la bioinformatique.
Ces formations avaient pour principal objectif de préparer le personnel local à une nouvelle méthode de séquençage de nouvelle génération : le séquençage métagénomique. Elles devaient, en outre, les familiariser avec des outils d’analyse de données utilisant des lignes de commande, afin de leur permettre d’appliquer cette nouvelle méthode dans leurs laboratoires respectifs. Pas moins de dix nouvelles procédures opérationnelles standard (POS) ont été mises en œuvre et huit membres du personnel de l’ISTH et du CRV-LFHVG ont été formés en conséquence. L’accent a été mis sur les procédures à respecter strictement pour minimiser les risques de contamination, sur les contrôles à utiliser pour vérifier l’efficacité du séquençage et garantir la production de données de qualité, et sur la résolution des problèmes. Les huit stagiaires ont participé avec succès à cette première phase du programme. Les phases suivantes seront organisées en 2024.
Le CRV-LFHVG et l’ISTH disposent dorénavant des capacités de base nécessaires pour réaliser le séquençage métagénomique de nouvelle génération et l’analyse associée (séquence consensus) des virus à ARN dans leurs pays. Il s’agit d’une avancée majeure dans l’appui aux systèmes de surveillance de la santé publique en Guinée et au Nigeria.